Das Piratennester ab und zu mal inaktiv werden kommt immer mal wieder vor. Du musst dann solange warten bis sich dort wieder ein Schiff zeigt. Der Standort des Nests verändert sich nach meiner Erfahrung nicht. Du musst also Geduld mit den Piraten haben. Sie sagen sich wahrscheinlich, das es keinen Sinn macht, wenn du sie immer direkt nach der Ausfahrt aus dem Nest wegenterst.
Die Eskortenaufträge bleiben dir aber erhalten. Das der Holk gesunken ist, liegt wohl daran das er durch einen (oder zwei) Stürme gefahren ist. Du bekommst ihn meines Wissens nach aus der Schiffsliste, wenn du in der Schiffsliste auf das Symbolklickst. Mit dem Symbol springt man normalerweise zu dem Schiff, da es aber gesunken ist, wird es aus der Liste entfernt.
Eldermannaufgabe: Ich halte es für unwahrscheinlich das du bei nur einem Piratennest diesen Auftrag sobald wieder zu sehen bekommst. Du musst wahrscheinlich warten bis das Nest wieder aktiv ist. In der Zwischenzeit kannst du ja schonmal alle möglichen Landwege bauen und Niederlassungen gründen. Das sollte es dem Programm leichter machen dir den Auftrag ein Piratennest zu vernichten anzubieten.
Neue Piratennester werden nur bei Vernichtung eines alten Piratennestes generiert. Die Anzahl bleibt nämlich immer konstant, wenn man von Zeiten der Inaktivität absieht.